Hygienické podmínky jsou v Mongolsku mimo centrum Ulánbátaru a několika zbývajících měst vesměs špatné. Silný mráz zbavuje zemi každoročně epidemií, avšak v létě se nákazy šíří velmi rychle. Ačkoli v Ulánbátaru je voda pitná, doporučujeme dodržovat zásadu pití pouze převařené či balené vody. V obchodech se také běžně prodává desinfekční gel na ruce, který doporučujeme používat vždy, když není možné umytí rukou.

Nejspolehlivější prevencí je očkování. Do Mongolska se doporučuje očkování proti žloutence, vzteklině a břišnímu tyfu. Očkování aplikují očkovací centra či Centrum cestovní medicíny ve Vinohradské nemocnici v Praze - poraďte se se svým praktickým lékařem.

ŽLOUTENKA je v Mongolsku velmi rozšířeným onemocněním. Doporučujeme očkování proti hepatitidě A a B. Očkování se podává ve třech dávkách s rozestupy jeden měsíc a půl roku, avšak i po dvou injekcích byste měli mít dostatečnou hladinu protilátek na cestu. To znamená, že s očkováním je nutné začít minimálně dva měsíce před odjezdem. Pokud jste již v minulosti očkováni byli, je možné zažádat o test protilátek z krve - při jejich dostatečném množství se přeočkovává pouze jednou dávkou.

VZTEKLINY není třeba se příliš obávat. V Ulánbátaru je sice extrémně vysoký počet toulavých psů, za běžných okolností však nejsou neagresivní. V mongolské přírodě žije minimum zvířat, která by zaútočila na člověka. V případě plánovaného cestování po mongolském vnitrozemí doporučujeme spíše přeočkování proti tomuto onemocnění, neboť je šetrnější než dávky, aplikované v Mongolsku v případě pokousání vzteklým zvířetem. 

BŘIŠNÍ TYFUS, stejně jako cholera či dokonce mor, se může jednorázově vyskytnout. Toto očkování se do Mongolska doporučuje osobám starším čtyřiceti let.

SPALNIČKY jsou rozšířeným onemocněním zejména u dětí a mládeže, převážně v jarním období. Očkování, případně v kombinaci se zarděnkami či příušnicemi lze doporučit podobně jakož i očkování proti klíšťové encefalitidě. 

TUBERKULÓZA zůstává vedle Žloutenky C a následné Cirhosy jater největším zdravotním problémem Mongolska a z infekčních nemocí je hlavní příčinou úmrtí.  Nejrizikovější skupinou osob jsou nezaměstnaní a lidé žijící ve špatných životních podmínkách. Jen v roce 2014 bylo v Mongolsku diagnostikováno 4172 případů TBC. Nakažení mají často i další infekční onemocnění, včetně sexuálně přenosných (syfilis, AIDS a jiné).