GIA má postavení odboru. Odbor se skládá z útvaru interního auditu a ze dvou dalších oddělení, kterými jsou "oddělení Generální inspekce" a "oddělení stížností, koordinace a boje proti korupci".

Činnost GIA je především preventivní a je zaměřena zejména na hospodárnost, efektivnost a účelnost výkonu veřejné správy, na dodržování obecně závazných právních předpisů a služebních předpisů MZV při plnění úkolů MZV jeho zaměstnanci v ústředí i v zahraničí, na odstraňování chyb zjištěných při kontrolách a předcházení jejich výskytu a proti zneužívání služebního postavení zaměstnanci MZV. Tutéž činnost vykonává ve vztahu k dalším organizacím, jejichž zřizovatelem je MZV.

Generální inspekce provádí samostatně kontroly nebo zajišťuje jejich provedení smluvním subjektem; provádí zejména:

• specializovanou vnitřní kontrolu útvarů MZV v ústředí nebo zastupitelských úřadů v zahraničí se zaměřením na dodržování účelnosti, hospodárnosti a efektivnosti plnění úkolů útvary MZV v ústředí a zastupitelskými úřady v zahraničí při nakládání s majetkem státu a s prostředky státního rozpočtu - rozpočtové kapitoly MZV;
• následnou veřejnosprávní kontrolu u podřízených organizací MZVpodle zákona o finanční kontrole, především nemají-li ustanoven interní audit;
• v případech, kdy to ukládá nebo umožňuje zákon, specializovanou kontrolní činnost u příjemců dotací ze státního rozpočtu – rozpočtové kapitoly MZV nebo z evropských fondů, se zaměřením na účelné vynakládání a použití těchto finančních prostředků;
• koordinuje specializovanou kontrolní činnost gestorských útvarů MZV u příjemců dotací ze státního rozpočtu – rozpočtové kapitoly MZV nebo z evropských fondů, se zaměřením na účelné vynakládání a používání těchto finančních prostředků.

Oddělení stížností, koordinace a boje  proti korupci

• přijímá oznámení na podezření z porušení obecně závazných právních předpisů nebo vnitřních předpisů MZV zaměstnanci MZV nebo podřízených organizací, jejichž zřizovatelem je MZV, provádí nebo zajišťuje provedení jejich šetření a eviduje oznámené případy. Na poli boje proti korupci koordinuje činnost útvarů MZV a je kontaktním útvarem MZV ve vztahu k věcně příslušnému koordinačnímu útvaru vlády. 
• přijímá a eviduje stížnosti na činnost zaměstnanců MZV a podřízených organizací MZV (vyjma stížností podle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím), a koordinuje jejich vyřizování s věcně příslušnými útvary MZV.
• koordinuje součinnost MZV s orgány vnější kontroly a s orgány činnými v trestním řízení a plní úkoly kontaktního místa pro bezpečnostní orgány. Ve věcech výstupů z její činnosti plní oznamovací povinnost a činí další úkony podle obecně závazných právních předpisů, které jsou závazné pro ústřední orgány státní správy ČR

Útvar interního auditu

• plní povinnosti vyplývající z ustanovení § 28 až 31 zákona o finanční kontrole, zejména předkládá ministrovi doporučení ke zdokonalování kvality vnitřního kontrolního systému, k předcházení nebo zmírnění rizik a k přijetí opatření k nápravě zjištěných nedostatků;
• provádí finanční audity, audity systémů, audity výkonu, audity kybernetické bezpečnosti MZV, a to jak v útvarech MZV v ústředí, tak na zastupitelských úřadech ČR v zahraničí a předkládá ministrovi písemné zprávy o svých zjištěních, včetně návrhů opatření k nápravě;
• vypracovává roční a střednědobé plány auditorské činnosti a zpracovává souhrnné roční zprávy o své činnosti a zajišťuje konzultační činnost v oblasti své působnosti.